freee 会計で青色 65 万円控除にならない原因と対処法【2026年版】

freee 会計で確定申告書を作ったものの、青色申告特別控除額が 65 万円にならず頭を抱えている方は少なくありません。65 万円控除と 55 万円控除の差は 10 万円。所得税と住民税を合わせると 1〜3 万円程度の税負担の違いになるケースもあります。

この記事では、65 万円控除の 4 要件チェックリスト → freee 会計 UI の 4 確認ポイント → 5 典型「ならない原因」と対処 → 詰まり続ける場合の選択肢の 4 ブロックで、原因特定から解決までを順番に解説します。2026 年 5 月時点の公式情報 (国税庁「No.2070 青色申告特別控除」・freee 会計公式 LP) をもとにしています。

青色申告 65 万円控除の 4 要件チェックリスト

freee 会計の設定確認に入る前に、そもそも 65 万円控除の 4 要件を整理します。国税庁「No.2070 青色申告特別控除」(公式ページ) に基づく 4 つの条件をすべて満たして初めて 65 万円控除が適用されます。1 つでも欠けると 55 万円または 10 万円控除に減額されます。

※国税庁「No.2070 青色申告特別控除」をもとに作成 (2026 年 5 月時点)。制度の詳細・個別適用判断は税務署または税理士にご確認ください。

要件 1 — 事業所得 (または事業的規模の不動産所得) であること

青色申告特別控除の対象は、事業所得または事業的規模の不動産所得のある方に限られます。副業として行っている業務が雑所得に区分される場合は、65 万円控除の対象外となります (最終判断は税務署または税理士にご確認ください)。

不動産所得の場合は、一般的に「5 棟 10 室基準」と呼ばれる事業的規模の要件を満たす必要があるとされています。詳細な判定基準は国税庁 No.2070 をご参照ください。

要件 2 — 複式簿記による記帳

現金出納帳のような単式簿記では 10 万円控除止まりです。複式簿記 (借方・貸方で記帳する形式) が必要です。freee 会計はデフォルトで複式簿記モードになっていますが、設定が「簡易簿記」に切り替わっているケースがあります (後述の確認ポイント 1 を参照)。

要件 3 — 貸借対照表と損益計算書の両方を添付

損益計算書だけでは 10 万円控除止まりです。貸借対照表も添付する必要があります。freee 会計では貸借対照表の作成自体は自動で行われますが、期首残高 (現金・預金など) が未入力のままだと実質的に未完成の状態になります。これが原因で「貸借対照表があるのに 10 万円控除になった」というケースが発生します (後述の確認ポイント 2 を参照)。

要件 4 — e-Tax 提出または電子帳簿保存 (見落とし最多)

2020 年分の確定申告 (令和 2 年分) 以降、紙 (郵送・窓口) で提出した場合は最大 55 万円控除に減額されています。65 万円控除を取るには、次のいずれかが必要です。

• (a) e-Tax による電子申告 — freee 会計から直接 e-Tax 提出が可能 (全プラン対応)
• (b) 優良な電子帳簿の保存 — 届出 + 要件を充足した電子帳簿保存法への対応が必要

e-Tax 提出が難しい場合の電帳法ルートについては、以下の記事で詳しく解説しています。

freee 会計の UI で確認すべき 4 ポイント

前の章で整理した 65 万円控除の 4 要件を「freee 会計の具体的な画面でどこを見ればよいか」に翻訳します。freee 会計を開きながら順番に確認してください。

ポイント 1 — 「事業所の設定」で記帳方法が複式簿記になっているか

確認手順: freee 会計にログイン → 左メニューから「設定」→「事業所の設定」→「記帳方法」セクションを確認します。

「複式簿記」と表示されていれば問題ありません。「簡易簿記」と表示されている場合は複式簿記に切り替えてください。切り替えると過去の取引の仕訳が自動で再計算されるため、決算直前に切り替える場合は登録済み取引に影響が出ないか事前に確認することをおすすめします。

ポイント 2 — 貸借対照表に期首残高・現預金が反映されているか

確認手順: freee 会計の「レポート」→「貸借対照表」を開き、期首残高のセクションを確認します。

預金口座・現金・売掛金などがすべてゼロや空欄のままだと、貸借対照表として実質未完成の状態です。口座連携を開始した時点を期首として、それ以前の残高が未入力になっているケースが多く見られます。期首残高の登録は「口座」メニュー → 各口座の「開始残高を設定」から行えます。

ポイント 3 — 申告書作成画面で「青色申告」が選択されているか

確認手順: freee 会計の「確定申告」→「申告書の作成」→「申告区分」を確認します。

「白色申告」になっていると 65 万円控除は 0 円扱いになります。青色申告に変更するには、税務署に青色申告承認申請書を提出済みである必要があります。申請書を提出していない場合は今年は白色申告で提出し、来年以降に青色申告承認申請書を提出して切り替える準備を進めましょう。

ポイント 4 — 提出方法が e-Tax になっているか

確認手順: freee 会計の「確定申告」→「提出方法の選択」を確認します。

「印刷して郵送」または「窓口提出」を選択している場合、freee 会計は自動的に 55 万円控除として計算します。65 万円控除にするには「e-Tax (電子申告)」に変更する必要があります。e-Tax 提出にはマイナンバーカードと、スマートフォンの NFC 読み取りまたは IC カードリーダーが必要です。

マイナンバーカード連携でエラーが出る場合は以下をご参照ください。

5 つの典型「ならない原因」と対処手順

申告書プレビューの控除額表示から、自分に当てはまる原因を特定してください。症状 → 原因 → 対処の 3 段で 5 パターンを解説します。

原因 1 — 記帳方法が簡易簿記になっている (症状: 10 万円表示)

原因 2 — 貸借対照表が未完成 (期首残高ゼロ) (症状: 10 万円表示)

原因 3 — 申告区分が「白色申告」になっている (症状: 0 円表示)

原因 4 — 紙 (郵送・窓口) で提出している (症状: 55 万円表示)

原因 5 — 期限後申告になっている (症状: 10 万円表示)

確定申告の法定期限 (原則 3 月 15 日) を過ぎての提出は、65 万円控除も 55 万円控除も適用できず、10 万円控除のみになります。

freee 会計の操作で詰まり続ける人向けの選択肢

freee 会計の設定で複数回詰まる場合は、別のアプリも選択肢の一つです。ここでは、中立的な立場でタックスナップを紹介します。

スマホで完結したい人にはタックスナップ

タックスナップは、スワイプ操作で取引を仕訳するスマートフォン特化の確定申告アプリです。複式簿記の知識がなくても、スワイプするだけで自動的に複式仕訳が組まれる設計になっています。

青色申告 65 万円控除については全プランで対応しており、e-Tax 提出も全プラン無料で利用できます (2026 年 5 月時点・タックスナップ公式情報をもとに記載)。30 日間の無料トライアルで全機能を試してから判断できます。

PC 環境がない / マイナンバーカード読み取りで詰まった人へ

タックスナップはスマートフォンアプリで e-Tax 提出が完結します。マイナンバーカードの読み取りもスマートフォンの NFC 機能で行えるため、IC カードリーダーを別途購入する必要がありません。

freee 会計もスマートフォンアプリで e-Tax 提出に対応しています。どちらが自分に合うかは、実際に無料トライアルで試して比較するのが最も確実です。freee 会計とタックスナップの詳細な機能・費用の比較は以下をご参照ください。

freee 会計の青色 65 万円控除に関するよくある質問

freee 会計で青色 65 万円控除を取り戻すためのまとめ

この記事で解説した 65 万円控除の取り戻しポイントを振り返ります。

提出後に 65 万円控除が適用されていないことに気づいた場合は、法定申告期限から 5 年以内であれば更正の請求を検討できます。詳細は税務署または税理士にご相談ください。

freee 会計でインボイス制度への対応も同時に進めたい方は、以下の記事もご参照ください。

本記事の内容は 2026 年 5 月時点の公式情報に基づいています。制度・料金・機能は変更になる場合がありますので、最新情報は国税庁公式サイトおよび freee 会計公式サイトでご確認ください。税務上の個別判断は税務署または税理士にご相談ください。